在医疗实践的同时，曾学军教授致力于临床医学教育，任美国内科医师学会（ACP）Fellow、美国医学研究所（IOM）中国医学教育代表。曾荣获北京市高等教育改革二等奖、 “住院医师心中好老师”、北京市师德先进个人、北京协和医学院教学名师等荣誉，带领普通内科获得2015年北京协和医学院教学团队称号。2019年2月入选十大社区健康促进首 席专家。
北京协和医院风湿免疫科为了促进中国风湿病的普及与提高，自建科以来，坚持每年举办形式多样的风湿病学讲习班和学术会议，编著多部风湿病学专著，同时结合风湿病学临床的需要开展科学研究，取得了极大的成绩，是国家教委风湿病学博士学位授予点、风湿免疫内科博士后流动站、国家教委风湿病学重点学科单位、卫生部住院医师培训基地、风湿免疫科专科继续教育基地、风湿临床试验基地、教育部重点实验室，风湿病学博士生/博士后培养单位，为全国培养了大量风湿病学的专业人才。
北京协和医院风湿免疫科被业界称为中国风湿病学科的“黄埔军校”。1979年，在“中国风湿病学之父”张乃峥教授的带领下，北京协和医院成立了中国蕞早的风湿免疫学组，翻开了中国风湿病学事业的崭新篇章。四十余年来，在几代协和风湿免疫人的辛勤奋斗下，科室蓬勃发展，引领并见证了我国风湿病学事业从无到有、自小变大、由弱变强。
2020年8月，北京协和医院风湿免疫科实验室完成了靶抗原特异性标志物的全部项目方法学升级，由传统手工、批量操作、定性检测的酶联免疫吸附测定（ELISA）升级为全自动、实时进样、高通量、定时检测的化学发光检测方法，可检测自身抗体60余种。这也是国内三甲医院第 一条专门用于自身抗体检测的全自动流水线，日运行通量可达1.5万次。报告时间缩短到0.5至1个工作日，为患者的精 准诊断提供了重要支撑。