在精神药理学研究领域，药理研究室结合基础与临床资源，开展精神疾病的新药研发、病理机制及其临床学研究工作。在情感障碍研究方向，采用先进的分子遗传学、神经生物学、精神药理学及功能影像学等技术或理论，对情感障碍进行系列开拓性研究，并取得重要成果。
虽然目前医学上对抑郁症已有行之有效的治 疗办法，但全球只有不足一半的患者（据世界卫生组织的数据，在一些国家中仅有不到10%的患者）接受有效治 疗。而影响有效治 疗的因素有：缺乏资源，缺乏训练有素的卫生保健人员，以及社会对精神疾患的歧视等。
而对于如何改变歧视观念？刘琦则表示，比如，首先是知识的普及和宣传，现在新闻热点多，人们的关注转移很快，需要反复宣传才能达到效果。当大众能够了解到抑郁症是一种可以治 疗的疾病，而不是意志薄弱或者自暴自弃，才可能提高识别率和就诊率。
在儿童精神病学领域，致力于注意缺陷多动障碍(ADHD)和相关破坏行为问题的病因及发病机制、治 疗、预后和成人期ADHD的系列研究，开展儿童孤独症、创伤后应激障碍、儿童精神分裂症等儿童期重要精神障碍的临床与应用基础研究， 先后承担国家自然科学基金、科技部“十一五”支撑计划、973计划、国家重点研发计划、原卫生部、教育部、北京市科委等多项基金课题，在病因学、临床评定和治 疗方面均取得较为突出的成绩。