北京协和医院创新性提出了“待病人如亲人，提高病人满意度；待同事如家人，提高员工幸福感”的办院理念；提炼出了“学术、品质、人文”的百年协和内涵；推进医疗服务体系、人才培养体系、科技创新体系、精细管理体系、开放协作体系、党建文化体系等“六大体系”建设。
早在 2006 年北京协和医院在国内率先设立痛风专科门诊，曾学军教授曾先后组织并参与多个降尿酸的上市前后研究。课题组是国内蕞早开展规范化关节穿刺核实临床诊断痛风的团队，多次获得行业基金等项目支持开展高尿酸血症和痛风的相关研究，开展流行病学、医生诊疗行为医学、疾病治 疗规范制订与推广、以及卫生经济学等研究。
北京协和医院风湿免疫科从建科时仅有3张病床的小科室发展到今天，协和风湿免疫科已拥有68张病床，年收治患者1500例次以上，年门诊量逾12万人次，不仅注重系统性红斑狼疮、干燥综合征、类风湿关节炎、强直性脊柱炎等常见风湿性疾病的规范诊治，更强调对少见风湿性疾病、风湿性疾病重要脏器损害以及风湿性疾病严重并发症的综合诊治，追求更精 确的诊断、更细致的评估、更有效的治 疗效果。
2020年8月，北京协和医院风湿免疫科实验室完成了靶抗原特异性标志物的全部项目方法学升级，由传统手工、批量操作、定性检测的酶联免疫吸附测定（ELISA）升级为全自动、实时进样、高通量、定时检测的化学发光检测方法，可检测自身抗体60余种。这也是国内三甲医院第 一条专门用于自身抗体检测的全自动流水线，日运行通量可达1.5万次。报告时间缩短到0.5至1个工作日，为患者的精 准诊断提供了重要支撑。