在精神药理学研究领域，药理研究室结合基础与临床资源，开展精神疾病的新药研发、病理机制及其临床学研究工作。在情感障碍研究方向，采用先进的分子遗传学、神经生物学、精神药理学及功能影像学等技术或理论，对情感障碍进行系列开拓性研究，并取得重要成果。
刘琦强调，需要各级政府加强投入，对儿童自闭症从国家层面上高度重视，各种对自闭症儿童的诊疗、科普、关爱、康复活动广泛展开，为自闭症儿童家庭带来希望。而且科学研究方面也加强了经费投入，使得更多的科学家投身于这方面的研究。抑郁症的患病率高，影响更大，更需要从国家层面、各级政府层面的投入。
在临床精神病学领域，着重于以各类主要精神障碍为中心的临床与应用研究、精神临床研究、心理治 疗理论与实践研究、精神行为与神经认知评估工具的开发与应用研究等;主要开展精神分裂症、阿尔茨海默病及轻度认知障碍、老年期抑郁症、双相情感障碍、重性抑郁障碍等常见精神障碍的临床与应用基础研究，积极探索构建主要精神障碍多中心临床研究平台的工作机制，创建了较稳固的全国多中心协同研究网络;在相关疾病的神经生物学机制、早期诊断生物标记物、临床评估与早期干预等领域取得了重要进展。
在儿童精神病学领域，致力于注意缺陷多动障碍(ADHD)和相关破坏行为问题的病因及发病机制、治 疗、预后和成人期ADHD的系列研究，开展儿童孤独症、创伤后应激障碍、儿童精神分裂症等儿童期重要精神障碍的临床与应用基础研究， 先后承担国家自然科学基金、科技部“十一五”支撑计划、973计划、国家重点研发计划、原卫生部、教育部、北京市科委等多项基金课题，在病因学、临床评定和治 疗方面均取得较为突出的成绩。